前身為1970年至1975年在京都競馬場草地2400米的4歲（現在3歲）雌馬赛事「維多利亞盃」，是中央競馬的4歲雌馬三冠大賽的尾關賽事。

為紀念1975年英國女王伊丽莎白二世訪問日本，1976年創立“伊丽莎白女王杯”。途程和賽事條件沿用“維多利亞盃”，但屆數重新計算。1995年以前，京都競馬場举行的草地2400米均為4歲雌馬限定賽。

1996年對雌馬赛制進行了改革，此赛條件由“4歲雌馬”更改为“4歲或以上雌馬”，途程缩短至草地2200米。同年，新設立的“秋華賞”將取代此賽成為4歲雌馬三冠大賽的尾關賽事。因此，此賽的定位發生了重大變化，成為4歲雌馬於三冠大賽後與年長雌馬同場較量的賽事。

1995年起成為「指定交流競走」，取得特定成績的地方競馬所屬馬匹也可以參賽 。1999 年起，開放予外國訓練馬匹參與的國際賽事。2008年起，作為日本秋季國際賽事系列之一舉行。

2012年由於此賽與英國王室關係密切，因此獲得特別許可，在英聯邦以外舉辦紀念伊利沙伯二世登基60週年的“鑽禧紀念”，賦予了副標題“女王伊利沙伯二世登基60週年紀念”。此外，由於白金漢宮的特別許可，由2013年3月8日起，賽事英文名稱由“Queen Elizabeth II Commemorative Cup”改為“Queen Elizabeth II Cup”。

2022年，為紀念女王伊利沙伯二世登基70週年，英國賽馬國際（英語：Great British Racing International）為世界各地舉行以伊利沙伯二世命名的賽事及勝出馬主贈送紀念品[2]。隨同年9月8日英女王伊利沙伯二世逝世，日本中央競馬會決定取消當年賽事原定的副標題“女王伊利沙伯二世登基70週年紀念”以表哀悼[3]。